마키나미 마리 일러스트리어스 — 에반게리온 신극장판

《에반게리온 신극장판: 파》에서 제10사도가 공격하자 마리는 봉인된 2호기를 타고 전투에 나선다. 일반적인 공격이 통하지 않자 맹렬한 비스트 모드를 가동해 근거리 공격을 이어 간다. 그러나 사도는 끝내 공격을 버텨 내고, 마리가 엄청난 위험을 감수했음에도 2호기는 심하게 손상된다.

심하게 파손된 마리의 에바는 3호기 사건 이후 파일럿으로 돌아가기를 거부한 신지 근처에 추락한다. 마리와 폐허가 된 도시를 눈앞에 둔 신지는 공격이 아직 끝나지 않았음을 깨닫는다. 결국 레이를 구하기 위해 초호기로 돌아가기로 결심한다. 마리가 신지 대신 결단한 것은 아니지만, 둘의 만남은 그를 다시 전장으로 이끄는 사건들의 일부가 된다.

《에반게리온 신극장판: Q》(Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo) 시점에는 14년이 흐른 뒤다. 마리는 카츠라기 미사토가 이끄는 반(反)네르프 조직 빌레(WILLE)에서 활동하며 에반게리온 8호기를 조종한다. 시키나미 아스카 랑그레이와 긴밀히 협력하면서 초호기 회수 작전과 이후 네르프 본부에서 벌어지는 대결에 참여한다.

신지와 카오루의 세계를 바꾸려는 시도가 참담한 결과로 이어지자 마리는 8호기로 개입해 신지를 13호기 밖으로 강제 사출한다. 이 덕분에 위기가 진행되는 동안 신지가 에바 안에 남아 있지 않게 된다. 영화 내내 마리는 홀로 싸우는 수수께끼의 파일럿이 아니라 아스카와 함께 싸우는 파트너로 활동한다.

《신 에반게리온 극장판》(Evangelion: 3.0+1.0 Thrice Upon a Time)에서 마리는 개량된 8호기로 네르프의 에반게리온들을 막아 내며, 파리 일부를 복구하려는 빌레의 작전을 엄호한다. 이후 아스카와 함께 네르프를 향한 최후의 공격에 참가한다. 이 임무에서는 베타니아 기지에서 홀로 싸웠던 첫 등장 때와는 전혀 다른 상황에서 두 사람의 협력이 시험대에 오른다.

최종 작전에서 마리와 아스카는 흰색 플러그 슈트를 입는다. 마리는 후유츠키 코조의 함선에도 들어가 그를 ‘후유츠키 교수님’이라고 부른다. 후유츠키는 마리를 ‘마리아 이스카리옷’이라고 부르는데, 일부 영어판에서는 ‘메리 이스카리옷(Mary Iscariot)’으로 옮긴 이름이다. 오랫동안 듣지 못했던 그 호칭과 두 사람의 대화는 아주 오래된 인연을 암시하지만, 마리의 나이나 과거를 둘러싼 모든 의문을 풀어 주지는 않는다.

마리는 8호기가 다른 에반게리온과 융합할 수 있는 능력을 이용해 아담스의 그릇들이 지닌 힘을 흡수하면서 남은 적들을 추격한다. 이후 신지를 안티 유니버스에서 겐도와 대면할 수 있도록 데려가고, 그를 다시 데리러 오겠다고 약속한다. 이 비범한 작전들은 첫 등장 때 보여 준 능력이 아니라 최종편에서 벌어지는 일들이다.

신지가 에반게리온이 없는 세계를 선택한 뒤, 마리는 마지막으로 남은 에바를 타고 바닷가에서 기다리는 신지를 찾아온다. 그 에바마저 사라진 다음, 영화는 기차역에 있는 성인처럼 보이는 신지를 보여 준다. 마리는 신지에게 다가가 DSS 초커를 풀어 주고 손을 잡은 채 함께 역을 떠난다. 마지막에 역을 벗어나는 장면은 실사 영상으로 이어지며, 두 사람의 그 뒤 삶을 자세히 들려주지 않은 채 신극장판의 이야기가 끝난다.

역 장면은 마리와 신지가 함께 있음을 분명하게 보여 주며, 애정 어린 분위기 때문에 연애 관계로 해석할 여지도 있다. 하지만 두 사람이 결혼했거나 자녀를 두었거나 이후 어떤 가정생활을 했다는 사실까지 명시적으로 확정하지는 않는다. 마리가 윗세대 인물들과 연관되어 있음을 암시하는 영화 속 장면들 역시 별도 만화판에서의 모든 세부 설정을 영화에 그대로 적용할 근거는 되지 않는다.