코난 — 나루토 캐릭터 소개와 일러스트

초기 아카츠키의 세력이 커지자 한조는 야히코의 운동이 아메가쿠레 지배권을 위협한다고 느낀다. 단조와 손잡고 함정을 꾸며 코난을 인질로 잡는다. 한조는 코난을 살리고 싶다면 나가토가 야히코를 죽여야 한다고 요구한다. 코난은 자신 때문에 친구들이 희생하지 말라고 호소하지만, 야히코는 나가토가 쥐고 있던 쿠나이에 스스로 몸을 던진다. 이 죽음으로 평화 운동은 처음의 길에서 벗어나고, 코난과 나가토는 지도자 없이 그 꿈을 이어 가게 된다.

나가토는 코난을 구해 내지만 한조의 부하들이 설치한 기폭찰 때문에 다리를 심하게 다친다. 이후 외도마상을 소환해 주변의 공격자들을 초토화하지만, 그 힘은 자신의 몸에도 끔찍한 대가를 치르게 한다. 그 결과 나가토는 극심한 고통을 통해 사람들에게 평화를 강요할 수 있다고 믿게 된다. 코난은 그의 곁에 남고, 두 사람이 속한 운동은 훗날 페인이 이끄는 더 가혹한 아카츠키로 변한다.

나가토는 마침내 페인 육도를 통해 아카츠키를 지휘한다. 그중 두드러진 천도는 보존된 야히코의 육체이므로, 사람들이 보는 조직의 지도자는 코난이 잃은 친구를 끊임없이 떠올리게 한다. 코난은 페인이 누구인지 알고 있으며 그가 비 마을을 지배하는 일을 돕는다. 그렇다고 코난이 아카츠키의 처음 평화 운동에 참여했다는 사실이 사라지는 것은 아니다. 이 대비는 그녀의 과거를 이해하는 데 중요하다.

지라이야가 아메가쿠레에 잠입하자 코난은 그를 막으려 한다. 옛 제자를 알아본 지라이야는 두꺼비 기름으로 코난의 종이 인술을 방해하고 그녀를 제압하지만, 페인이 개입한다. 지라이야의 조사는 결국 목숨을 잃는 것으로 끝나고, 코난은 한때 자신을 가르쳐 준 스승마저 잃는다.

페인이 나뭇잎 마을을 침공할 때 코난은 나가토를 돕지만, 그가 몸을 지나치게 혹사한다며 거듭 걱정한다. 나루토가 두 사람이 숨은 곳에 도착하자 처음에는 나가토를 지키려 하고, 뒤이어 지라이야의 두 제자가 증오로 평화를 이룰 수 있는지를 논쟁하는 자리를 지킨다. 나루토는 페인이 저지른 피해에도 불구하고 지라이야의 희망을 버리지 않는다.

나가토는 나뭇잎 마을을 공격하면서 죽인 사람들을 되살리기로 결심하고 그 대가로 자신의 목숨을 바친다. 코난은 나가토와 야히코의 시신을 거두고 아카츠키를 떠나기로 한다. 그리고 나루토에게 아메가쿠레의 지지를 전하며, 이제 그에게 맡기는 희망을 상징하는 종이꽃 다발을 건넨다. 이는 옛 꿈을 다른 방식으로 이어 가겠다는 코난 자신의 결단이지, 그저 페인의 명령을 따른 것이 아니다.

훗날 아카츠키를 뒤에서 조종하던 가면 쓴 남자가 나가토의 윤회안을 빼앗으려 아메가쿠레에 온다. 코난은 친구의 유해를 넘기거나 침입자가 초기 아카츠키를 자기 것이라 주장하는 것을 받아들이지 않는다. 상대의 시공간 능력에 관한 지식을 이용해 기폭찰 6천억 장을 주변 호수의 수면처럼 위장하고, 그를 종이로 둘러싸인 깊은 틈으로 떨어뜨린다. 폭발은 10분간 이어져 그가 보통 무형 상태를 유지할 수 있는 시간을 넘어선다.

함정은 거의 성공하지만 가면 쓴 남자는 사륜안 하나의 시력을 희생해, 본래라면 치명적인 결과를 뒤집는 동술 이자나기를 사용함으로써 살아남는다. 중상을 입은 코난은 아메가쿠레에 내리던 비가 그치는 것을 보고, 야히코와 나가토의 희망이 나루토를 통해 계속 살아갈 것이라고 단언한다. 상대는 코난을 제압하고 환술로 나가토의 안식처를 알아낸 뒤, 그녀를 죽음에 이르게 한다. 그는 나가토의 시신과 윤회안을 빼앗는다. 코난의 마지막 저항은 그를 막지 못했지만, 그녀는 아카츠키가 본래 다른 목적을 위해 세워졌다는 신념을 끝까지 버리지 않는다.

만화의 마지막 장면은 비 마을 고아들의 옛 은신처와, 지라이야가 누가 안에 있는지 확인하도록 가르친 양면 카드로 돌아간다. 코난의 종이 인술에서 나온 피 묻은 종잇장 하나가 버려진 방으로 날아들어 그녀의 ‘외출’ 표시를 덮는다. 이 마지막 장면은 코난이 삶에 큰 영향을 준 친구들과 스승이 있는 집으로 상징적으로 돌아왔음을 보여 줄 뿐, 부활이나 본편으로의 복귀를 묘사하지는 않는다.